Genomika

Obecné informace Často se ptáte

Genomické testování je skvělým nástrojem, který umožňuje chovatelům provádět vědomá šlechtitelská rozhodnutí a odhaluje genetický potenciál zvířat.

K čemu všemu chovateli genomika, resp. odběr tkáně pro rozbor DNA, mohou být užitečné?

  • Ověřit nebo objasnit původ zvířete

  • Zjistit plemenné hodnoty

    • produkční

    • fitness

    • exteriérové

    • znaků může být mnoho, dle poskytovatele a rozsahu vyšetření.

  • Vyšetřit freemartinismus

  • Vyšetřit genotyp pro bezrohost

  • Vyšetřit řadu haplotypů

    • geneticky podmíněné letální faktory (specifické pro plemeno)

    • bezrohost

    • beta kasein, kappa kasein

    • DGAT

    • ... a další znaky, paleta se postupně rozšiřuje.

Jak může chovatel výsledky využít? Obecně možností je mnoho, jmenujme ty nejběžnější...

  • registrace plemenného býka - rozsah povinného vyšetření určuje ŘPK

  • objasnění nebo ověření původu, jsou-li o něm pochybnosti

  • certifikace prvovýroby A2 mléka a výrobků z něj

  • z hlediska šlechtění chovatel může data také využít různě, např.

    • k časné selekci jaloviček (které si nechat a jak je využít, jaké je naopak lépe prodat)

    • k brakaci

    • při tvorbě připařovacího plánu (eliminace rizikového matingu, eliminace nežádoucích genů v chovu, podpora a udržení zajímavých vlastností nebo využití krávy pro produkci zástavu)

    • objektivní ukazatel šlechtitelského pokroku ve stádě.

Genomické testy na trhu nabízí několik firem a organizací, je čistě na uvážení chovatele, pro jakého poskytovatele/zprostředkovatele testu si vybere. Různí se ceny, spolehlivost, rozsah vyšetření a případná aktualizace plemenných hodnot, doba od dodání vzorků do laboratoře k doručení výsledků a také využitelnost pro zapojení do plemenné knihy.

Neumím si představit, k čemu mi může být vyšetření DNA užitečné

Situace, kdy se hodí vyšetřit DNA a stanovit plemenné hodnoty a různé haplotypy, jsou často například následující:

  • Mám nadbytek jalovic, chci nějaké prodat, ale ty nejlepší si chci nechat.

  • Chci zmapovat frekvenci alely pro beta kasein ve stádě.

  • Chci zmapovat frekvenci výskytu letálních faktorů ve stádě.

  • Chci efektivně šlechtit stádo na (mnou) vybrané znaky.

  • Chci uchovnit býka a registrovat ho k plemenitbě.

  • Chci prodat plemenného býka.

  • Chci nebo potřebuji ověřit původ zvířete.

A do budoucna jednou genomika umožní zápis zvířete do PK i bez nutnosti dělat KU.

Z jakého materiálu lze provést vyšetření DNA

Obecně je třeba získat vzorek DNA, která je obsažena v různém množství ve všech tělních buňkách. Nejčastěji se vyšetření DNA provádí

  • z chlupových cibulek

    • je třeba minimálně 30-40 chlupů vytržených i s chlupovou cibulkou

    • obvykle se umisťují do speciálních kitů (odběrových sad), se kterými se pak posílají do laboratoře.

    • Není podstatné, z jaké části těla jsou chlupy vytrženy nebo jakou mají barvu!!! Jediné důležité věci jsou, aby šlo o chlupy jednoho zvířete, aby jich bylo dost a byly přítomné chlupové cibulky.

  • ze vzorku tkáně

    • u živého zvířete se odebírá typicky ušní štěp, kdy speciálními kleštěmi je získán malý vzorek tkáně z ucha

    • zvířeti po odběru zůstává v uchu malá dírka o velikosti špendlíkové hlavičky.

  • nebo z krve

    • nejčastěji se z krve vyšetřuje freemartinismus, obecně ale z krve lze provést celou řadu vyšetření.

Kdy lze provést odběr vzorku pro rozbor DNA

V podstatě kdykoliv během života zvířete, čistě dle uvážení chovatele. Jediná podmínka je, že jakýkoliv vzorek DNA jednoho zvířete nesmí být kontaminován DNA jiného jedince. Proto se u novorozených telátek odebírá první vzorek nejdříve od věku asi 10 dnů, aby tím byla vyloučena přítomnost DNA matky (z její sliznice pohlavních orgánů, krve a podobně).

Cena a rozsah vyšetření

Cena se pohybuje obvykle v rozmezí 800 - 1200 Kč, někdy až několik desítek tisíc Kč. Jde o jednorázovou platbu za život zvířete. Konkrétní výše závisí na:

  • poskytovateli či zprostředkovateli laboratorního vyšetření (v ceně může a nemusí být odběr vzorků na místě, kit na odběr, náklady na zpracování)

  • rozsahu vyšetření (tedy co všechno se o zvířeti z DNA za stanovenou cenu dozvíme - různí se)

  • zda jsou výsledky vyšetření průběžně aktualizovány dle aktuálních plemenných hodnot (různí se)

  • pohlaví (u býků je typicky cena výrazně vyšší než u jalovic a krav)

Určitě i zde platí, že "když dva dělají totéž, není to totéž". Proto je dobré se zajímat o to, co vše je v ceně vyšetření, kdy budou dostupné výsledky a jak, v jaké laboratoři bude konkrétní rozbor probíhat a také kdo a jak bude se získaným čipem (tedy výsledky vyšetření DNA) pracovat a jakým způsobem budou stanoveny plemenné hodnoty.